Honda CBR400R generasi baharu dengan enjin 399cc dua silinder (46PS @ 9,500rpm & 37Nm @ 7,500rpm) dan transmisi enam kelajuan telah dilancarkan secara rasmi di pasaran domestik Jepun pada tahun 2013, bersama-sama dua model kembarnya dalam segmen yang berbeza iaitu Honda CB400F dan Honda CB400X.
Pada tahun 2016, CBR400R hadir dengan rekaan baharu yang lebih sporty dan matang, diikuti kemaskini warna baharu pada tahun 2017. CBR400R kemudiannya sekali lagi menerima kemaskini warna baharu pada tahun 2018, bersama-sama pemasangan sistem brek ABS yang menjadi sebahagian daripada ciri standardnya.
Kemaskini terakhir yang diterima oleh Honda CBR400R ialah pada bulan Mac 2019, melibatkan perubahan kosmetik yang lebih menawan dan posisi tunggangan yang lebih sporty. Perubahan yang dilakukan pada sistem intake juga telah dilakukan bagi membolehkan kuasa tork dipertingkatkan pada putaran enjin rendah dan pertengahan.
Selain itu, struktur paip ekzos dan muffler turut menerima modifikasi semula untuk pecutan yang lebih lancar dan berkuasa. Sebagai tambahan, sistem Assist & Slipper Clutch merupakan ciri baharu yang turut diperkenalkan pada CBR400R 2019.
Kemaskini lain melibatkan suspensi belakang untuk pengendalian yang lebih stabil dalam pelbagai situasi tunggangan, pengenalan lampu signal depan dan belakang LED, serta paparan meter LCD rekaan baharu dengan ciri seperti penunjuk posisi gear.
Tiga pilihan warna ditawarkan untuk Honda CBR400R model tahun 2019, iaitu Grand Prix Red, Pearl Glare White dan Matte Axis Gray Metallic. Harga yang ditawarkan adalah sebanyak 793,800 Yen, bersamaan RM 32,171.28 mengikut kadar semasa.
Selain pasaran domestik Jepun, Honda CBR400R generasi baharu ini juga pernah ditawarkan di pasaran Singapura, namun pemerhatian terkini di dalam laman sesawang Boon Siew Singapore mendapati model tersebut tidak lagi tersenarai.
Untuk pasaran Malaysia, CBR400R tidak dibawa masuk oleh Boon Siew Honda, namun syarikat tersebut menawarkan CBR500R dengan enjin berkapasiti 471cc. Harga asas yang ditawarkan untuk Honda CBR500R 2019 di pasaran tempatan adalah sebanyak RM 34,999.00 (tidak termasuk kos pendaftaran, insuran dan cukai jalan).
Setakat ini berdasarkan maklumat dari Jepun, Honda CBR400R model tahun 2020 terbaharu akan diperkenalkan dalam bulan Jun akan datang, namun tidak dapat dipastikan apakan perubahan atau kemaskini baharu yang bakal diterimanya kali ini.